平行志愿投档是按照“分数优先、遵循志愿” 的原则进行的。也就是投档时计算机先将符合投档条件的考生按照高考成绩从高分到低分排序，然后再按照这个顺序依次检索考生的五个平行志愿。具体地讲就是从排在第一位的考生开始，先看他报考的五个平行志愿中的第一个院校，如果该校没有缺额，再看第二个院校，以此类推，一旦出现符合投档条件的院校，即刻投档给该院校，不管院校录取与否，这位考生的平行志愿投档过程就完成了，没有检索到的后序平行 的其他志愿同时作废。然后再投排在第二位的考生，直到所有院校计划满额或者没有符合投档条件的考生为止。
投档时当遇到多名考生总分相同并且多于应投考生数时，则依次比对考生的语文、数学、外语的单科成绩，也就是先比较语文成绩，优先投语文成绩高的考生；若语文同分，再比较数学，若数学同分，则比较外语。若单科成绩均相同，则全部投档。艺术和体育类专业，在文化成绩达到同批控制分数线的情况下，专业成绩相同的考生按院校要求的比例投档。
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